L'aquaponie est un système qui unit la culture de plante et l'élevage de poissons. Dans ce système, les plantes sont cultivées sur un support composé de galets de rivière, de billes d'argile, de schiste expansé ou de pouzzolane. La culture est irriguée en circuit fermé par de l'eau provenant de bassins ou d'aquarium dans lesquels sont élevés les poissons. Des bactéries aérobies issues du substrat transforment l'ammoniaque contenu dans les déjections des poissons en nitrate, directement assimilable par la végétation. A l'aide d'un système de pompage, l'eau purifiée retourne ensuite dans les bassins ou les aquariums des poissons.